目前用于生产鱼蛋白的原料，大体主要分为两类，一类是利用整鱼或鱼加工的边角料为主要原料；另一类是采用饲料生产的压榨汁水为原料。
对比两类原材料，以新鲜全鱼为佳，蛋白质含量稳定，可保证不同批次的成品指标稳定性，且新鲜的鱼肉蛋白质无腐败（挥发性盐基氮含量低），蛋氨酸、酪氨酸没有被分解损失，18种单质氨基酸含量更加均衡，当然用此类原材料的产品成本相对要高一些。
另一类是以饲料生产中的压榨汁水为原料，在饲料生产中，利用的原材料为杂鱼杂虾，先经过高温蒸煮，然后机械压榨，压榨后的干物质用于生产饲料，压榨出来的汁水经过酶解（有些小厂家不做酶解工序，只是浓缩）浓缩后产出成品。但用此类原料生产的鱼蛋白，因为不同批次捕捞鱼虾种类都不太相同，且不同批次原料的腐败程度（挥发性盐基氮是衡量腐败程度指标）也不相同，所以成品的含量稳定性有一定的偏差，另一方面压榨汁水中盐分含量较高，不建议在苗期使用，此外如果原材料本身腐败程度较高，则成品的稳定性不是很好，出现分层或二次发酵胀桶现象的比例升高。
